شورای مرکزی با نگاه به چشم انداز و مأموریت ها و بر اساس خلاءهای مدنی جامعه ایرانی؛ اهداف زیر را برای سازمان شورا تعریف کرده است :
- توسعه مشارکت داوطلبانه مردم در نهادهای مدنی
- توسعه فضای حقوقی و حمایت از فعالیت نهادهای مدنی
- ترویج اصول و ارزش های جامعه مدنی در جامعه
- گسترش گفتگو و همکاری بین نهادهای مدنی
- کمک به اصلاح نگرش و رویکرد دولت و بخش خصوصی نسبت به جامعه مدنی
- توانمندسازی و گسترش راه ها و روش های شیوه اداره مطلوب[1] نهادهای جامعه مدنی ایران
- نظارت بر مقررات و برنامه های دولت بر اساس شاخص های حکمرانی خوب
- تلاش برای برقراری امنیت نهادهای مدنی
- توسعه فضای گفتگوی نهادهای مدنی با دولت